Na verdade essa aparente contradição, só existe em algumas traduções, que infelizmente incluem a maioria das traduções da língua portuguesa.
Para entendermos é preciso que lembremos que o novo testamento foi escrito em grego, o grego faz uma clara diferença entre “ouvir um som”, no sentido de ter escutado um simples barulho e “Ouvir uma voz que fala com clareza”, onde se ouve e entende se o que se ouviu. Então, é preciso analisarmos a gramática do grego Coiné, Em Atos 9:7,o verbo ouvir (akouo) está no genitivo, ou seja, eles apenas ouviram um som, um barulho, mas não compreenderam o que a voz dizia ao apóstolo Paulo. Em Atos 22:9, a construção do verbo ouvir esta no acusativo, o que nos permite entender que na verdade eles não compreenderam o que foi dito, e não necessariamente que não ouviram, mas que apenas não compreenderam. Em nenhuma das duas passagens se afirma que os companheiros do apóstolo entenderam o que foi dito.
A melhor tradução para a passagem de At 22:9 do grego coiné para a língua portuguesa, da forma mais próxima ao texto original possível seria:
"E os que estavam comigo viram, em verdade, a luz, mas não entenderam a voz daquele que falava comigo." Essa tradução existe e está correta, na tradução da Bíblia NVI “Nova Versão Internacional”.
Uma passagem semelhante a esta está no livro de Daniel 10:7 “Somente eu, Daniel, tive a visão; os que me acompanharam nada viram, mas foram tomados de tanto pavor que fugiram e se esconderam”. Ora para que se esconder se eles não viram nada?, Certamente eles não viram, mais ouviram e não compreenderam, daí o susto a ponto de se esconderem.